層析柱是凝膠層析技術中的主體，一般用玻璃管或有機玻璃管。層析柱的直徑大小不影響分離度，樣品用量大，可加大柱的直徑，一般制備用凝膠柱，直徑大于2厘米，但在加樣時應將樣品均勻分布于凝膠柱床面上。此外，直徑加大，洗脫液體體積增大，樣品稀釋度大。分離度取決于柱高，為分離不同組分，凝膠柱床必須有適宜的高度，分離度與柱高的平方根相關，但由于軟凝膠柱過高擠壓變形阻塞，一般不超過1米。分族分離時用短柱，一般凝膠柱長20-30厘米，柱高與直徑的比較5:1─10:1，凝膠床體積為樣品溶液體積的4-10倍。分級分離時柱高與直徑之線為20:1─100:1，常用凝膠柱有50×25厘米，10×25厘米。層析柱濾板下的死體積應盡可能的小，如果支掌濾板下的死體積大，被分離組分之間重新混合的可能性就大，其結果是影響洗脫峰形，出現拖尾出象，降低分辯力。在精確分離時，死體積不能超過總床體積的1/1000。

　　1 使用前首先明確自己的分離目的，即要做哪一方面的分離，從而選擇合適的凝膠填料，尤其對于沒有成熟工藝的學生和研發人員，請大家務必查閱文獻或者詢問老師，同時根據自己的分離要求，選擇合適長度和直徑的層析柱；  

　　2 選擇好層析柱和填料以后，嚴格按照填料的要求來操作，包括填料的溶脹、脫氣、裝柱，期間務必嚴格按照說明書操作；

　　3 適當控制上樣量,上樣以前務必要過0.22µm濾膜；

　　4 選擇合適的流動相，根據膠的性質決定能否用泵加壓；

　　7 使用完畢后，請將層析柱做好處理（離子交換柱請用高濃度氯化鈉溶液沖洗，后用水沖洗），后將層析柱堵好，以防干膠或者進氣泡，同時請做好試驗紀錄，以便下一位同學用時方便查詢使用情況；

　　8 試驗過程中所有用水或者溶液必須經過抽濾和脫氣，嚴防氣泡。